Mühlberg als Bischofsresidenz
Zu den Episoden der Reformationsgeschichte gehört, dass Mühlberg an den letzten Bischof von Meißen getauscht wurde. Kurfürst August von Sachsen (1526–1586) wollte die Macht des Meißner Bischofs brechen und in seinem Herrschaftsgebiet die Reformation einführen. Dazu zwang er den Bischof 1559 zu einem Tauschgeschäft: Bischof Johann IX. von Haugwitz (1524-1595) musste das Amt Stolpen an Kursachsen abtreten und erhielt dafür Stadt, Amt und Kloster Mühlberg. Hier war allerdings die Reformation schon eingeführt, und Johann IX. hatte keine Möglichkeit, die Reformation zurückzudrängen, zumal die verbliebenen Nonnen kurz zuvor nach Meißen umgesiedelt worden waren. Wenn sich der Bischof in Mühlberg aufhielt, bewohnte er das Torhaus des Klosters.
1570 willigt er erneut in einen Tausch ein. Er gab Mühlberg an den Kurfürsten zurück und erhielt dafür das ehemalige Kloster Sornzig bei Mügeln und weitere Dörfer. Schließlich trat Johann IX. von Haugwitz selbst zum lutherischen Glauben über. 1581 verzichtete er auf sein Bischofsamt und heiratete eine entfernte Verwandte. Seine letzten Lebensjahre verbrachte er auf Schloss Ruhethal in Mügeln.